AUTORIA: Jaqueline Goes de Jesus
ORIENTAÇÃO: Luiz Carlos Junior Alcantara
TÍTULO DA TESE: “SEQUENCIAMENTO EM TEMPO REAL E ANÁLISE MOLECULAR DE GENOMAS COMPLETOS DE ARBOVÍRUS EMERGENTES E RE-EMERGENTES NO BRASIL” 
PROGRAMA: Pós-Graduação em Patologia Humana (UFBA /FIOCRUZ)
DATA DE DEFESA: 26/02/2019

RESUMO

O risco da alta incidência do vírus da Zika (ZIKV), associado à ocorrência de microcefalia em bebês e do vírus da febre Chinkungunya (CHIKV), associado à síndrome de Guillain-Barré, cuja sintomatologia é grave e incapacitante por longos períodos, preocupa os setores de saúde pública. Em adição ao cenário causado pela emergência do CHIKV e ZIKV, o Brasil experimentou um surto excepcional, causado pelo vírus da febre amarela (YFV) entre o final de 2016 e meados de 2017. No contexto nacional, sabe-se que há co-circulação desses arbovírus que são transmitidos principalmente pelas mesmas espécies de mosquitos, nas regiões urbanizadas, amplamente distribuídos em regiões tropicais e sub-tropicais. Em regiões das Américas, como no Brasil, onde a epidemia causada pelo ZIKV é concorrente às causadas por CHIKV, a rápida identificação do vírus e o conhecimento do genoma tornou-se crucial, para o monitoramento da diversidade viral e para compreensão da origem, dos eventos de introdução e da dispersão viral, bem como a identificação de cepas ou genótipos com maior potencial epidêmico. Aliando as técnicas de sequenciamento em tempo real, com um sequenciador portátil baseado em nanoporos, com as análises de bioinformáticas (utilizando modelos epidemiologicos e filodinâmicos), foi possível gerar um número substancial de novos genomas dos arbovírus ZIKV, YFV e CHIKV. Neste trabalho, demonstramos que a epidemia de ZIKV nas Américas se originou de uma única linhagem viral derivada do genótipo Asiático e evidências de que o Nordeste do Brasil desempenhou um papel central no estabelecimento e disseminação nas Américas. Além disso, achados relacionados à epidemia de YFV, demonstram que a maioria dos casos humanos (98,5%) foi relatada em municípios com cobertura de vacinação para YFV acima do limiar, indicando que a infecção se deu através de indivíduos que residem ou trabalham em áreas florestais onde ocorre a transmissão silvestre. Aqui, foram ainda gerados novos genomas completos do CHIKV isolados de diferentes compartimentos celulares (sangue, saliva e urina). Os genomas pertecem ao genótipo ECSA, indicando a persistência da circulação dentro da população de Feira de Santana (FSA). Estas análises dão suporte às autoridades em saúde pública nas medidas de prevenção em áreas com alto risco de introdução ou incidência prevista, corroborando com a necessidade do estabelecimento de uma rede conjunta de laboratórios e pesquisadores para o fornecimento de rápidas respostas ao surgimento de epidemias, para seu manejo. Neste trabalho apresentamos ainda, otimizações dos protocolos utilizados para amplificação dos genomas virais, além da utilização do sequenciamento baseado em nanoporos para estudos diretamente do RNA.

Palavras-chave: ZIKV, CHIKV, YFV, epidemia, vigilância genômica, saúde pública, MinIon.